为了充分发挥大型科研仪器设备的技术支撑和社会服务功能，由上海交通大学“985工程”三期经费出资组建的第三代高通量基因测序平台正式开放服务。该平台引进了pacBio RS II第三代高通量基因组测序仪，以支撑生农医药相关学科的快速发展。据悉，该仪器为华东地区第二台第三代基因测序仪。该平台将坚持以科研服务为宗旨，以资源共享为主线，以技术引领为核心，为校内外用户提供高效、优质的基因组测序服务。
目前，该平台拥有pacBio RS II高通量基因测序仪、标准化操作间以及样品制备和测试所需的各种设备，由上海交通大学分析测试中心、生命科学技术学院和系统生物医学研究院共同管理运行，配备了雄厚的师资力量，拥有强大的科研实力和技术支撑能力。按照测序平台的整体建设要求和工作进度要求，今年下半年测序平台预购置与pacBio第三代高通量测序仪配套使用的大型数据分析服务器，以满足基因组和转录组等高级数据分析需求。目前测序仪的安装调试和技术培训均已完毕，现已正式投入使用，对校内外开展测试服务。
pacBio RS II测序系统，是基于单分子实时（Single Molecule Real Time, SMRT）DNA测序技术和纳米微孔应用的第三代测序平台。pacBio RS II系统的读长为业内*长，利用*新的试剂，pacBio RS II的平均读长可达10 Kb-15 Kb，且每个SMRT cell能产生500 Mb-1.2 Gb的数据。在准确度方面，pacBio RS II测序系统可以实现超过99.99%的高度精确测序，且不受DNA序列中GC和AT含量的影响。基于这些特点，pacbio RS测序系统全面解决了二代测序几大困扰：海量数据拼接难、变异检测假阳性高、稀有突变被淹没、高GC含量区域无法跨越、高度重复片段无法准确测定等，可为科学家提供优质的基因组组装，进而揭示并了解表观基因组。另外，第三代高通量测序技术可充分弥补二代测序无法提供准确的全长转录本信息的不足。pacBio RS II应用于物种全长转录本测序，可得到更精准完整的全长转录本信息，从而获得更多可变剪接、基因融合及新转录本信息。因此pacBio RS II高通量测序仪是基因组从头测序、全长转录组测序以及鉴定基因组变异的*佳选择。
该平台目前已完成多项微生物基因组从头测序服务（基因组大小4M-10M）,均在两个SMRT Cell数据以内完成基因组拼接；拼接后获得 6个及以下 Contigs；平均 N50 >25 Kb；一致性准确率QV >40 (即 >99.99%)。
网上预约：http://iac.sjtu.edu.cn/goods.php?id=107
图1 微生物基因组测序及拼接结果
图2 pacBio RS II 测序仪 和 标准化操作间
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