工欲善其事必先利其器，分析FFpE样本必须选对技术与试剂。本专题将向您介绍Takara科学家匠心打磨出的FFpE样本分析利器，帮您填平FFpE样本核酸扩增难、定量难、NGS建库难、结果一致性不足这几个大坑，使分析FFpE样本变得都挺好。

福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed and paraffin-Embedded, FFpE）技术是一种先用福尔马林固定，再用石蜡包埋临床组织样本的处理方法。由其可长期常温保存的特点被全球的医院或组织样本库大量采用，供组织学诊断及研究使用。

随着qpCR、NGS等技术发展，数亿份FFpE样本有了更大的研究价值。这些珍贵并来源广泛的医学研究材料为回顾性研究、阐明疾病发病机理、Biomarker筛查、预后指示等提供了宝贵的资源。

然而，福尔马林固定样本时，组织中的核酸容易发生不同程度的降解与分子间交联，石蜡的高温渗入又进一步加速核酸的降解，保存时间及环境对核酸也有不小影响，即FFpE样本中不易留存高品质核酸。同时，提取核酸前不当的前处理方案，不合适的扩增方法与条件也不易获得足够量的核酸。再者，若一次性分析的样本量较大，实验员的样本处理、仪器和方法之间的微小差异会引起结果发生显著变化，导致核酸质量、下游实验结果的可靠性、重复性与一致性存疑。

以上因素，让科研工作者既要面对挑战与困难，又不忍舍弃FFpE样本这一“宝藏”，to do or not to do, that’s a question?

有了Takara FFpE样本分析利器，事情正在发生变化！

突破瓶颈，DV200=25%的FFpE样本进行RNA-Seq研究成为可能！

从FFpE样本中分离纯化核酸进行NGS分析研究逐渐成为重要手段，但由于FFpE样本容易发生核酸的降解和损伤，所以从有限且珍贵的FFpE样本中获得完整且准确的信息进行建库测序无疑是“难于上青天”！Takara倾力打造的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- pico Input Mammalian，具有难以置信的RNA品质包容度，可以1-100 ng FFpE来源的total RNA起始，即使是品质较差的样本，也可以构建高品质的文库！同时采用全新的Zap R v2 R-probes v2核糖体cDNA去除技术，不需要进行rRNA去除的前处理操作，不要太好用！，

快人一步，仅需2h即可完成FFpE样本的DNA-Seq文库构建！

FFpE样本，作为生物和医学领域的重要样本来源，广受研究者的青睐。但由于多种因素影响，一般从FFpE样本中难以获得高质量且足量的DNA。因此在构建文库时，文库的转化效率差，文库片段较小，测序重复序列较多，覆盖度较低等一系列问题颇受诟病！SMARTer ThrupLEX DNA-Seq Kit 使用特别的茎环型接头，整个建库过程无需转管和纯化，可以100 ng FFpE来源的DNA起始2小时内完成构建文库，从而实现对FFpE样本进行有效分析！

针对9种不同的100 ng 的FFpE样本,分别使用SMARTer ThrupLEX DNA-Seq Kit 、A公司试剂盒和B公司试剂盒制备文库。与其它公司同类试剂盒相比，使用本试剂盒可以获得更高的文库多样性和更低的重复read比例，且构建文库产生的片段较长。另外在不同GC含量范围内可以产生更均匀的覆盖分布。

FFpE样本难扩增？改良的MightyAmp™ Ver.3发挥威力！

数量巨大的FFpE样本蕴含着无限的科学研究机会，但同时也是研究者们很棘手的研究对象，如何从样本中获得生物信息就显得至关重要。pCR技术作为分子检测领域中较为普遍的技术，大大提高了FFpE组织样本的临床应用。

Takara作为pCR酶的重要企业，自1994年开始销售pCR酶以来，为了满足科研人员的各种要求，一直致力于新产品的开发。特别研发的MightyAmp™系列具有很强的扩增性能，对于使用普通pCR酶难以扩增的样本，也显示出很好的扩增能力，如含有大量pCR阻害物的生体粗提样本。

MightyAmp DNA polymerase Ver.3是对MightyAmp DNA polymerase进行了改良，这种改良后的pCR酶和Buffer组合使用，可进一步增强对pCR阻害物的抵抗性。此外，也提高了血液、动植物组织等生物体样本直接加入到反应液中的Direct pCR的反应性能。无论是pCR阻害物含量较多的粗提样本，还是GC Rich、AT Rich的模板均可在宽广的模板范围内进行有效扩增，并根据需要将试剂盒中附带的10×Additive for High Specificity添加到pCR反应液中可提高pCR扩增的特异性和检测灵敏度。

一步法cDNA合成反应，操作简单。Takara RT-qpCR方案高灵敏度定量FFpE来源miRNA!

癌症已经成为人类的“杀手”，较难医治。国际抗癌联盟认为，1/3的癌症是可以预防的，1/3的癌症如能早期诊断是可以治愈的，1/3的癌症可以减轻痛苦，延长生命。FFpE样本作为生物和医学领域的重要样本来源，已经成为许多研究人员重要的癌症研究材料。

当前，研究人员更迫切需要一种快速有效的癌症研究方法。RT-qpCR就是一种可以快速，灵敏地定量基因表达的技术，能从相对少量的起始材料（如FFpE样本）中检测mRNA，miRNA，lncRNA的差异表达。该技术应用广泛，检测灵敏度高，检测低拷贝RNA非常实用。

这其中需要特别说明microRNA的定量研究。microRNA是一类被广泛关注的非编码RNA，对植物和动物的基因表达有着非常重要的调控作用。长度为22 nt左右，与普通的捕获探针或pCR引物的长度相当，并且GC% 含量从5%-95%，差异较大，普通检测方法很难获得足够的灵敏度，所以需要针对microRNA优化qpCR体系。

Takara提供用于microRNA定量检测的Mir-X™ 系列产品。Mir-X™ 系列为简单的一步法cDNA合成系统、一次反转FFpE样本中的不同microRNA。试剂盒附带通用的pCR下游引物，只需设计特异性的上游引物即可。可对低至50 copies的microRNA进行检测，灵敏度高。高度特异性检测不同的miRNA变种。

一次最多运行5184个qpCR反应的Real-Time pCR系统，高通量检测FFpE来源miRNA！

数以亿份的FFpE样本保存着巨大的科学研究价值。除核酸提取、建库等难题外，如何高效、快速、准确地完成大量样本的分析检测工作，也同样是需要面对的挑战。

SmartChip Real-Time pCR System是高通量qpCR系统。一次运行可同时进行最多5,184个qpCR反应。灵活的Assay × Sample组合，可添加或删除各个pCR反应。2小时即可完成qpCR反应和数据分析。100 nL反应体系，既保证检测的灵敏度，又节约了试剂成本。