对于急性髓系白血病（AML）或骨髓增生异常综合征（MDS），医生通常根据染色体重排将患者分为预后良好组、预后中等组和预后不良组，然后告知可能采取的治疗方案。不过，大约20%的患者无法成功分型。美国圣路易斯华盛顿大学医学院David Spencer领导的研究团队近日研究了全基因组测序是否可取代传统的细胞遗传学分析。

研究人员采用了一种简化的全基因组测序（WGS）方法来分析263名髓系癌症患者的样本，其中235名患者也接受了细胞遗传学分析。他们发现，全基因组测序可以快速准确地对患者进行分析，而成本与传统的细胞遗传学分析相当。这项成果发表在《新英格兰医学杂志》上。

通讯作者Spencer博士表示：“我们证明基因组测序是准确的，能够在某些患者体内检测到细胞遗传学所遗漏的染色体变化。一些新的检测结果可能会将患者置于与现在不同的‘风险类别’下。”

研究人员采用235名患者的样本对传统的细胞遗传学分析和一种简化的WGS方法进行了直接对比。这种WGS方法称为ChromoSeq，可检测与血液癌症相关的基因组改变。据介绍，ChromoSeq实现了全面的基因组分析，同时降低了技术门槛，并缩短了周转时间。

总的来说，测序分析发现了通过传统细胞遗传学找到的所有40个染色体易位和91个拷贝数变化。此外，对于其中40名患者（占17.0%），测序还发现了细胞遗传学分析未鉴定出的其他遗传变化。

研究人员指出，不到一半的样本（来自117名患者）是最近才被诊断出的前瞻性病例，而对于其中四分之一的病例（29名患者），测序发现了更多的遗传信息。这些新增的遗传信息改变了19名患者所属的风险类别，这可能会影响他们的治疗选择。

他们还评估了临床测序的可行性。所有样本均成功地分批测序，处理时间的中位数为5.1天。与传统的细胞遗传学分析相比，测序有着更高的诊断率，但他们指出，诊断率会根据实验室的具体实践而有所不同。

在大部分情况下，测序和细胞遗传学分析在风险类别的评估上提供一致的结果。不过，对于某些细胞遗传学分析结果不明确的患者，测序可以提供分组信息。在这项研究中，大多数风险评估发生变化的患者被归到预后不良组。

研究人员指出，成本一直是在临床上采用WGS的主要障碍。ChromoSeq方法的成本（包括试剂、劳动力和分析）大约为1,900美元，每Gb序列的成本约为11美元，而高通量实验室可能降至1,300美元，每Gb成本为7美元。他们估计，当测序成本降至每Gb 5美元时，其费用与传统检测相当。

Spencer补充说，他和同事目前在医院内开展一项临床研究，为AML患者提供基因组测序，以便进一步评估它是否可取代传统的检测方法。（生物通 薄荷）

原文检索：

Genome Sequencing as an Alternative to Cytogenetic Analysis in Myeloid Cancers

March 11, 2021
N Engl J Med 2021; 384:924-935
DOI: 10.1056/NEJMoa2024534