摘要

在一些慢性严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的免疫功能低下患者中，发生了相当大的适应性进化。在慢性感染中发现的一些替代是有关变异(VOCs)的谱系定义突变，这导致了VOCs来自慢性感染的假设。在这项研究中，我们通过整合27例慢性感染的测序结果来寻找类挥发性有机化合物出现的驱动因素。该集合中的大多数替换反应了谱系定义的VOC突变;然而，在慢性感染中没有与成功的全球传播相关的突变子集。我们进一步测试了抗体逃避突变与患者特异性和病毒特异性特征的关联能力，发现病毒反弹与抗体逃避的出现密切相关。我们在大多数患者中发现了动态多态病毒种群的证据，表明受损的免疫系统选择了患者体内特定的小生境规避抗体。我们认为，抗体逃避和传播之间存在一个权衡，广泛监测慢性感染是必要的，以进一步了解VOC的出现。