CtrR3
sRNAs是在原核生物转录后调控中起关键作用的非编码转录物。细胞内细菌衣原体已鉴定出sRNAs，但功能研究仅限于大肠杆菌异源系统。我们在沙眼衣原体并用它来筛选假定的sRNA对衣原体发育周期，包括复制型（RB）和传染性（EB）型之间的转换。过表达4/13C、 沙眼炎sRNAs降低了传染性EBs的产生。我们对CtrR3和CtrR7进行了详细的描述，这两个sRNAs导致了我们屏幕中最大的子代缺陷。通过量化衣原体数量和感染后代，并通过电子显微镜观察衣原体形态，我们发现CtrR3的过度表达阻止了RB到EB的转化，而CTR7的过度表达阻止了细菌的复制。我们还描述了一个工作流程，允许我们在衣原体。
我们首次使用MS2适体亲和纯化结合RNA测序作为分离相互作用mRNA的无偏方法。然后，我们根据序列互补性对CtrR3目标识别序列进行排序，我们通过生物信息学和突变分析确定了候选序列。最后，我们用翻译融合实验检测了假定的靶点大肠杆菌和C. trachomatis（沙眼衣原体）。
利用这个整合的方法，我们提供了实验证据证明YtgB和CTL0389是CtrR3的mRNA靶点衣原体.这些发现表明我们沙眼衣原体sRNA高表达系统可用于研究衣原体sRNAs的功能和mRNA靶点。
总结
在这项研究中，我们开发了一个研究sRNAs的遗传系统沙眼衣原体并用其鉴定了4个衣原体sRNAs，它们的过度表达降低了感染性细菌的产生。我们还成功地利用这个遗传系统来确定一个命名为CtrR3的衣原体sRNA的靶点识别序列和mRNA靶点。总的来说，这项工作提供了一个概括性的方法来调查衣原体sRNAs在其原生有机体中的作用。