衣原体是一种专性细胞内细菌，位于真核宿主细胞内被称为衣原体包涵体的膜结合隔室中。这些病原体有一个复杂的双相发育周期，包括一个可复制但不具感染性的网状体（RB）和感染性基本体（EB）之间的转换。据报道，小分子抑制剂对细胞内有有害影响衣原体但这些研究通常在检测和分析时间点方面受到限制。我们比较了已发表的和新的抑制剂，发现它们可以不同程度地改变包涵体大小、衣原体数量和感染性EB的产生，并且这些影响在细胞内感染的过程中会有所不同。我们的结果为分析提供了依据，无论是在感染结束时还是在一段时间内进行多次检测。我们还表明，这种方法有潜力确定发育周期中受抑制剂影响的特定步骤。我们进一步提出，通过使用一个称为最大子代产量（progenymax）的新值，可以最好地量化和比较抑制剂引起的后代缺陷的程度。为了证明这一系统方法的有效性，我们将其应用于Akt和AMpK抑制剂，它们是参与脂质合成和胆固醇转运途径的宿主激酶。两种抑制剂都降低了EB的产生，但Akt的破坏主要是降低了RB到EB的转化，而AMpK抑制则相反地增强了RB的复制。
衣原体是美国报告最多的细菌性传播感染原因。这种细菌感染人类细胞并通过一个不寻常的发育周期在细胞质包涵体内繁殖，包括两种特殊的衣原体。据报道，小分子化合物会对包涵体、衣原体复制和感染性后代的产生产生负面影响，但我们发现这些影响可能是不一致的，并且在48到72小时的细胞内感染过程中会有所不同。我们提出了分析这些不均匀效应的方法，包括在细胞内感染结束时进行测量，以及在发育周期过程中进行多个分析的更详细的分析。然后我们应用这一方法来研究和比较两种抑制剂的抗衣原体作用，这两种抑制剂可以改变宿主的脂质合成和胆固醇转运。